Файл с расширением PDB – это, скорее всего, файл, созданный в формате программной базы данных, который используется для хранения отладочной информации о программе или модуле, например, DLL или EXE-файл. Их иногда называют символьными файлами.
Файлы PDB отображают различные компоненты и операторы в исходном коде в свой конечный скомпилированный продукт, который затем может использоваться отладчиком для поиска исходного файла и местоположения в исполняемом файле, в котором он должен остановить процесс отладки.
Вместо этого некоторые файлы PDB могут быть в формате файла Protein Data Bank. Эти файлы PDB представляют собой простые текстовые файлы, которые хранят координаты относительно структур белка.
Другие файлы PDB, вероятно, создаются в формате файлов базы данных Palm или PalmDOC и используются в мобильной операционной системе PalmOS. Некоторые файлы в этом формате используют вместо этого расширение .PRC.
Как открыть файл PDB
Различные программы используют свой собственный файл PDB для хранения данных в некотором виде структурированной базы данных, поэтому каждое приложение используется для открытия своего собственного типа файла PDB. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio и Pegasus – вот лишь несколько примеров программ, которые могут использовать файл PDB в качестве файла базы данных. Radare и PDBparse могут также работать для открытия файлов PDB.
Некоторые файлы PDB хранятся в виде обычного текста, например файлы базы данных отладки программы Geneious, и полностью читаемы человеком, если открыты в текстовом редакторе. Вы можете открыть этот тип файла PDB с помощью любой программы, которая может читать текстовые документы, например, встроенной в Windows программы «Блокнот». Некоторые другие средства просмотра и редактирования файлов PDB включают Notepad ++ и Brackets.
Другие файлы базы данных PDB не являются текстовыми документами и полезны только при открытии с программой, для которой они предназначены. Например, если ваш файл PDB каким-либо образом связан с Quicken, попробуйте использовать это программное обеспечение для просмотра или редактирования файла PDB. Visual Studio ожидает увидеть файл PDB в той же папке, что и файл DLL или EXE.
С помощью Avogadro вы можете просматривать и редактировать файлы PDB, являющиеся файлами банка протеиновых данных, в Windows, Linux и macOS. Jmol, RasMol, QuickPDB и USCF Chimera также могут открывать файл PDB. Поскольку эти файлы представляют собой простой текст, вы можете открыть файл PDB и в текстовом редакторе.
Palm Desktop должен иметь возможность открывать файлы PDB в формате файлов базы данных Palm, но вам, возможно, придется сначала переименовать его, чтобы иметь расширение .PRC, чтобы эта программа распознала его. Чтобы открыть файл PalmDOC PDB, попробуйте STDU Viewer.
Как конвертировать файл PDB
Файлы базы данных программы, скорее всего, не могут быть конвертированы в другой формат файла, по крайней мере, с помощью обычного инструмента конвертации файлов. Вместо этого, если есть какой-либо инструмент, который может конвертировать этот тип файла PDB, это была бы та же самая программа, которая может открыть его.
Например, если вам нужно преобразовать файл базы данных PDB из Quicken, попробуйте использовать эту программу для этого. Однако этот тип преобразования, вероятно, не только мало полезен, но и не поддерживается в этих приложениях базы данных (т. Е. Вам, вероятно, не нужно преобразовывать этот тип файла PDB в любой другой формат).
Файлы Protein Data Bank можно конвертировать в другие форматы с помощью MeshLab. Для этого вам может понадобиться сначала преобразовать файл PDB в WRL с PyMOL из меню Файл> Сохранить изображение как> VRML , а затем импортировать файл WRL в MeshLab и использовать файл > Экспорт сетки как меню, чтобы в конечном итоге конвертировать файл PDB в STL или другой формат файла.
Если вам не нужна цветная модель, вы можете экспортировать файл PDB напрямую в STL с помощью USCF Chimera (ссылка для скачивания приведена выше). В противном случае вы можете использовать тот же метод, что и выше (с MeshLab), чтобы конвертировать PDB в WRL с USCF Chimera, а затем экспортировать файл WRL в STL с MeshLab.
Преобразовать PDB в PDF или EPUB, если у вас есть файл PalmDOC, можно несколькими способами, но проще всего, вероятно, использовать онлайн-конвертер PDB, такой как Zamzar. Вы можете загрузить свой файл PDB на этот веб-сайт, чтобы иметь возможность конвертировать его в эти форматы, а также в форматы файлов AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT и другие.
Преобразовать файл PDB в формат FASTA можно с помощью онлайн-конвертера Meiler Lab в PDB в FASTA.
Также возможно конвертировать PDB в CIF (формат кристаллографической информации) онлайн, используя PDBx/mmCIF.
Расширенное чтение файлов PDB
Вы можете прочитать намного больше о файлах базы данных программ от Microsoft, GitHub и Wintellect.
Также есть больше информации о файлах Protein Data Bank; см. Всемирный банк протеиновых данных и RCSB PDB.
Ваш файл все еще не открывается?
Файлы PDB, которые не открываются ни одним из перечисленных выше инструментов, скорее всего, не являются файлами PDB. Может случиться так, что вы неправильно читаете расширение файла; некоторые форматы файлов используют суффикс, который очень похож на «.PDB», когда они действительно не связаны и не работают одинаково.
Например, файл PDF является файлом документа, но большинство программ из приведенного выше не будут корректно отображать текст и/или изображения, если вы попытаетесь открыть их с помощью этих программ. То же самое верно и для других файлов с одинаковыми расширениями файлов, таких как файлы PD, PDE, PDC и PDO.
PBD – это еще одна программа EaseUS Todo Backup, поэтому она полезна только при открытии с этим программным обеспечением.
Если у вас нет файла PDB, изучите расширение файла, которое есть у вашего файла, чтобы вы могли найти соответствующую программу, которая открывает или конвертирует его.
